入主東阿阿膠之后，華潤又將目光對準(zhǔn)了三九醫(yī)藥(華潤三九前身)。

　　2004年，三九集團(tuán)爆發(fā)財(cái)務(wù)危機(jī)，被迫進(jìn)行收縮和重組，2000年上市的三九醫(yī)藥(華潤三九前身)也因大股東占用上市公司巨額資金所拖累，步履維艱。

　　2006年12月，華潤作為三九集團(tuán)潛在戰(zhàn)略投資者提交了三九集團(tuán)重組方案。2007年7月，國務(wù)院國資委[微博]批復(fù)同意三九集團(tuán)資產(chǎn)債務(wù)重組的整體安排，由華潤醫(yī)藥收購新三九控股有限公司并向其增資至30億元，用于新三九收購三九集團(tuán)的有效資產(chǎn)。

　　2008年1月，三九集團(tuán)并入華潤，成為其全資子公司。2010年2月，三九醫(yī)藥更名為華潤三九，華潤并購重組三九至此畫上圓滿句號。

　　幾乎與重組三九醫(yī)藥同時，華潤又將觸角伸向雙鶴藥業(yè)(華潤雙鶴前身)。雙鶴藥業(yè)1997年上市，控股股東為北京醫(yī)藥集團(tuán)。北藥集團(tuán)持股雙鶴藥業(yè)48.89%，間接控制萬東醫(yī)療(華潤萬東前身)51.51%股份。2006年2月，經(jīng)國務(wù)院國資委批準(zhǔn)，華潤總公司參與央企華源集團(tuán)的重組工作。當(dāng)年12月，華源生命產(chǎn)業(yè)有限公司將其持有的北京醫(yī)藥集團(tuán)50%股權(quán)以協(xié)議方式轉(zhuǎn)讓給華潤股份。華潤股份由此持有北藥集團(tuán)50%股權(quán)，從而間接成為雙鶴、萬東兩家上市公司的實(shí)際控制人。

　　2012年3月，雙鶴藥業(yè)更名為華潤雙鶴，萬東醫(yī)療更名為華潤萬東。

　　在華潤醫(yī)藥旗下上市公司中，華潤三九抓中成藥和OTC;華潤雙鶴主打注射劑，兼做處方藥和原料藥；東阿阿膠主打阿膠系列保健品。掛靠華潤醫(yī)療集團(tuán)旗下的華潤萬東，則主營醫(yī)療器械。