風力發電對鳥類也構成了威脅，鳥類常常撞死在渦輪機旋轉的葉片上。日本環境省證實，從2003財年開始，13只罕見物種白尾雕就這樣被奪去生命。日本野鳥協會（Wild Bird Society of Japan）自然保護辦公室副主任Yukihiro Kominami認為，這些例子僅是冰山一角。他說：“我們必須盡快找出各個地區存在的類似問題，否則我們將看到鳥類繼續受到傷害。”
　　也有人認為，風力渦輪機旋轉的大葉片破壞了當地景觀。日本長野市的居民組織起來，反對在當地建設風力發電場，當地政府還制作了一張地圖，顯示了擬建的風力發電場對自然和景觀的影響。一名負責人表示：“我們希望運營商能夠評估環境問題，并借助此圖向當地居民解釋清楚。”
　　專家們日益達成共識，認為風力發電項目應該被納入到環境影響評估法律中。環境省計劃在中央環境審議會（Central Environmental Council）上探討這個設想，研究修改法律的可能性。
　　非盈利環保組織日本可持續能源政策研究所負責人Tetsuya Iida表示：“風力發電已經取得商業成功，比太陽能發電成本低。必然存在一種風電與自然和居民和諧共處的途徑，日本政府應該考慮建立一個框架，協助探尋這種方式。”